2013 год, идеальный город — зона №6. В возрасте двух лет Шиону был присвоен статус обладателя «высокого уровня интеллекта», ему было позволено жить в роскошном районе Кронос. В день своего двенадцатилетия он встречает Нэзуми — красивого парня, сбежавшего из исправительной колонии. Укрыв беглеца, Шион, по решению Бюро общественной безопасности, лишается всех привилегий и изгоняется из Кроноса в «Потерянный город». Четыре года спустя таинственное происшествие приводит Шиона к тайне шестой зоны.