На дворе XXI век, и грань между человеком и машиной всё больше стирается: роботы модернизируются за счёт тканей человека, а люди ставят механические импланты. Киборг-суперагент, девушка по имени Мото́ко Кусана́ги, получает непростое задание: выследить опасных киберпреступников, которые совершают хакерские атаки в отношении людей, превращая их в послушных марионеток. Вскоре она выходит на след таинственного Кукловода. Эта охота приводит её в мир за гранью привычных технологий, где само понятие человеческой души и природы сознания безвозвратно переворачивается с ног на голову.