В 2035 году по всем ущелью Куробэ произошел взрыв, вызванный неудачным экспериментом над искусственным организмом, впоследствии названного Материей. Правительство незамедлительно запретило въезд в целый исследовательский город. Спустя два года Айко Тачибана, потерявшая при взрыве всю свою семью встречает таинственного ученика Юи Канзаки, который открывает ей всю правду о произошедшем инциденте. Чтобы выяснить всю правду, герои направятся туда, где все началось, в Первичную точку – эпицентр взрыва.